武装探偵、通称『武偵』。それは凶悪化する犯罪に対抗するため武装を許可された探偵の事である。その最高レベルのＳランク武偵・アリアのパートナーに選ばれてしまった（普段は）ただの一般人・遠山キンジ。女子校への潜入捜査の末、Ｎのヒュドラとアスキュレピョスに勝利したバスカービル――そのキンジの前に、伊藤マキリが父・遠山金叉の生存情報を持って現れる。彼はキンジの知る『ある女性』の暗殺任務を帯びていた。それを止めるため、キンジは敵のマキリと共闘する事に……？