次の人類補完計画の舞台「地球」となるべく膨張を続ける月。そこから飛来した巨大岩盤「ヨモツヒラサカ」は、シンジとスーパーエヴァの起こしたサードインパクトによって太平洋日本近海に落着し、「ヨモツヒラサカ新島」と名付けられた。

ロンギヌスリングによる締め上げで衰えていく地球だったが、当面の敵であった黒の巨人・アルマロスが倒されたことに人々は希望を見出していた。だが、 [アルマロスを倒した巨人が次のアルマロスになる]という法則が存在し、それにユーロエヴァ／ウルトビーズとパイロットであるヒカリが取り込まれたことに、まだ誰も気付いていなかった。

サードインパクト直前で時間を凍結され、新たに出現したエヴァ最終号機の中でのみかろうじて存在しているシンジ、芽生えた自我と折り合いを付け始める綾波レイ達、エヴァに溶けヒトの枠を越えたモノを見ているアスカ……彼らはヨモツヒラサカ新島より飛来する地球に終焉をもたらす事象にどう立ち向かうのか？　そして人類補完計画が失敗した世界の終焉という強固で無慈悲なサイクルから逃れられるのか？