大始祖の陰謀により四種族が封印され、五種族大戦は人類の勝利という予想もしない形で終戦を迎えた。シドから大始祖の企みを聞いていたカイは、ジャンヌと花琳に戦いの継続を直訴するが、人類の平穏という悲願を達成した彼女たちの反応は薄かった。カイは新たなコードホルダーを手に、一人、リンネの復活と仲間たちの解放を目指し、大始祖への抗戦を決意する。その頃、石化していたために墓所への封印を免れた四英雄の一人アルフレイヤをバルムンクが発見したとの報がもたらされ――世界から忘れられた少年の『世界に拒絶された少女』を救う戦いが始まる！