歩行戦車型ネウロイとの戦いに勝利した「いらん子中隊」だったが、先の戦いで謎の人型ネウロイと応戦したハルカの様子に異変が――。
「お前への態度が変わったな」智子に熱烈なアプローチをすることが無くなったハルカを訝しむビューリングであったが、時を同じくしてラドガ湖にネウロイの機影が確認された。
緊急出撃で戦地に向かう智子達であったが、かつてないネウロイの攻勢によりエルマが負傷し、更にハルカが人型ネウロイに連れ去られてしまい!?
「私と皆なら、できないことなんてない！ハルカを救い出すわよ!」
仲間を救う為、中隊長となった智子が激戦の空を飛翔する。待望の新編、ここに開幕！