シャーロック・ホームズの助力の元、トバリたちはヴィンセントの口より世界の裏側で暗躍する錬金術師たちの戦いを知ることとなる。
そして古から連綿と続く錬金術師たちの闘争に一石を投じるべく、彼らはパラケルスス、そしてセンゲとの再戦を決意する。　しかしロンドンの地下には、彼らの決意と覚悟をも容易く踏みにじる悪意が渦巻いていて――。