魔法少女に“変身”する力を与えられた女子中学生、輝井カグヤは、同じく魔法少女になってしまった親友のヒマワリと敵対しつつも、彼女を救うために邪神による魔法少女同士のバトル「邪神戦争」に参加する―――。