予想もしない形で終戦を迎えた五種族大戦を覆すために、カイは大始祖の待ち受ける決戦の地"墓所"に挑む。大始祖に封印された全種族の解放と、消えた世界種リンネの再生のため、ジャンヌ、バルムンク、大天使アルフレイヤらと共に墓所へ突入。そこで待ち受けていたものは大始祖の理念に従うアーカインとテレジアだった。時同じく、"世界輪廻"の首謀者であるアスラソラカが大始祖から離反し、世界崩壊へのカウントダウンを開始する。世界を愛する者と憎む者、数多の思惑が入り乱れる中で、カイの最大の戦いが始まる――！