休暇のため《最果て図書館》を訪れたルチアと穏やかな日々を送る館長のウォレス。そんな彼のもとに、テオドラからある報せが届く。――ルチアが何者かに狙われているというのだ。
　不穏な空気が漂う図書館に、暁の勇者と共に現れたのは、さすらいの吟遊詩人トネリコ。図書館の中にいるにもかかわらずウォレスが存在を感知できない、「気配のない」少年だった。
　図書館館長になりたいという彼に心を掻き乱されるウォレス。そんな中ルチアが何者かにさらわれて――!?
　かけがえのない女の子を守るため、戦うウォレスの想いは《空間》の意思を超えることができるのか――！
　失われた記憶、リィリの過去、ルチアの歌声に隠された秘密……すべての謎が明らかになるシリーズ最終章！