カルタ達が不在の中、無人の新型学園船セカンドグリモノアを『脅威』の群れが覆い尽くす。いや無人ではない、船の最下層には深手を負い水晶像となったまま回復を待つかけがえのない旧友、ゲキハ達が取り残されているのだ。
　今度は本物の『脅威』、何が起きるかは未知数。それでも学校の奪還を目指すカルタ達だが、全体指揮を執る生徒会長キョウカの元にもう一つの問題が。多国籍連合軍の代表として何食わぬ顔で現れた美女は、未熟な復讐者ナタレーナを仇討ちの連鎖に巻き込んだ人物だったのだ。
　つまり、人間達の『黒幕』。
「レトネーエ＝クーレントです。続行不能とみなした場合は我々が引き継ぎます」