仕事が上手くいかず上司から叱責される毎日の中、サラリーマンのケンジはその日、自分以外の人類が滅亡することを祈る。翌朝目が覚めると、本当に人類が消え去り、世界には自分１人だけになっていた。
ケンジは歓喜し、会社に行く必要のない、昼過ぎまで寝ていられる、漫画三昧の自由な生活を謳歌する。しかし人類が消え去ったことで世の中のインフラが止まりだし、ケンジのサバイバル生活が始まる。
誰もいないスーパーで食べられる食料を調達したり、初めて農業にトライしたりする中で、充実感を覚えながらも寂しさを感じた彼は、他の生き残りを探しに行くことにする。そこで彼が出会ったのは、街を徘徊するゾンビ「バイト」と、バイトと戦う女性、アミだった。

「人類滅亡して最後の１人になったら？」チャンネル登録者数200万人超のYouTube漫画動画チャンネル「フェルミ研究所」の人気動画が、ついに書籍化！