魔法科高校での生活に慣れてきたアリサと茉莉花。今度こそアリサと同じクラスになりたい茉莉花は、月に一度のクラス振り分けテストでその夢を叶えるべく、試験科目である魔法の特訓に挑み始める。
　一方アリサも入部したクラウド・ボール部の活動に力を入れる。いまだに勝利への闘争心は少ないが、楽しんで活動をしていた。
　そんなある日、クラウド・ボール部部長の初音から、三高との対抗戦が決まったことを告げられる。初の対外試合に戸惑うアリサの対戦相手は、魔法の名家、二十八家に連なる一色家の出身で――。
　魔法科高校の生徒たちの波乱な青春が繰り広げられる！