あががが……寒すぎて死んじゃうぞ、ちくしょう！　
　病院のベッドからどうにか抜け出した上条当麻が降り立ったのは、温暖なはずが極寒となったロサンゼルス!?　……しかも全人口消失という異様な状況で……!?
　アンナ率いるR&Cオカルティクスが引き起こしたこの異常事態下で、上条とインデックスは共に事件解決に挑んでいく。
　強襲する敵の魔術師を躱した先に出会ったのは、たった唯一の生存者である銀髪褐色の幼い少女、そしてその母親の『痕跡』だった――。
　母と娘の想いを上条が受け継ぐとき、その『暗闇』は打ち破られる!!