聖伊織はダンジョンの深層でとある文献を発見する。
そこには万物の理が収められているという伝説のアイテム「ラジエルの書」について記されていた。
この書物が悪用されれば世界大戦にも繋がりかねない、事態を重く見た３会は早急に調査へと踏み切り、司書室の桜瑠衣が大天使ラジエルであるということを突き止める！　
学園は総力をあげ掃討作戦を展開するも、その圧倒的な魔力の前に歯が立たず蹂躙されてしまうのだが――
「よお、伊織。待たせたな」
「……遅いよ、幸助君」
　絶対絶命の危機に駆けつけた瀧音は再び桜瑠衣と対峙する！
世界崩壊という最悪のバッドエンドを塗り変えられるのか！？