武装探偵、通称『武偵』。それは凶悪化する犯罪に対抗するため武装を許可された探偵である。
トップレベルのＳランク武偵・アリアの相棒に選ばれてしまった（普段は）ただの一般人・遠山キンジ。
正体を現した『Ｎ』艦隊とシャーロックの戦いにアリア共々巻き込まれたキンジは、戦艦ナヴィガトリアの艦長ルシフェリア・モリアーティ４世との勝負を繰り広げる。
世界を侵略できる力を持つルシフェリアとの戦いは、後にキンジとアリアが経験した事のない形――敵との共同生活へと変貌していく。
世界の命運が懸かったルシフェリアとの日常に苦戦するキンジとアリアの所には、Ｎのネモが、さらにはリサもやってきて……!?