楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。
バークレー中学には、新しい先生ミス・ブレッチリーが着任していた。彼女はジャーナリズムの先生だ。コーディはその先生のもとで、事件の調査と報道について学ぶことになった。
そんなある日、コーディたちのもとに暗号の手紙が送られてくる。内容は「学校の経費が何者かに盗まれている」という告発だった。
スパイ暗号クラブのメンバーは、さっそく学校内で調査を開始するが、やがて事件は、FBIが潜入調査に乗りだすほどの大事件であることがわかってくる。
はたして、犯人は誰なのか？　そして、コーディに告発の手紙を送ったのは誰なのか？　そしてその目的とは――！？