フェジテでの決戦は突如現れたジャティスの手によって衝撃的な結末を迎えた。天の智慧研究会は打ち倒され、アルザーノ帝国の被害も甚大。己を阻む者が消えたジャティスは"正義"を実現するため、ついに禁忌教典へと手を伸ばす。
「あの遙かいと高きメルガリウスの天空城……その最深部にて、君を待つ。最終決戦だ……文字通りの、ね」
　グレンにそう告げると同時に、世界を未曽有の危機に陥れるジャティス。グレンは今こそすべての因縁に決着をつけるべくメルガリウスの天空城へ降り立つ。そこで待っていたのはこの世界に隠された衝撃的な真実だった――！