警察庁のサイバー特別捜査隊の隊員に選ばれた心理分析官の真田夏希は、着任早々、日本を揺るがす犯罪者と対峙することになった。エージェント・スミスと名乗る犯人は、銀行システムから、鉄道、航空にハッキングを仕掛け、サイバー特捜隊を窮地に陥れる。そして、隊長の織田とともに犯人を追う夏希は、巧妙な罠にかかり、囚われの身となってしまった。果たして二人は、絶体絶命の危機を脱し、犯人に迫ることができるのか。