現代日本にて組織された情報機関【プレデター】。
その構成員、壱波（いちなみ）と三界（さんかい）は小型核兵器奪還任務を命じられていた。
しかし任務中、ふたりは突然まばゆい光に包まれてしまう――。

気づけば辺りに見えるのは、元いた風景とはまったく違うもの。
そこは江戸時代。ふたりは小型核と共にタイムスリップしていたのだった!!

そのタイムスリップ、裏で糸を引いていたのはなんと徳川家康。
彼は世界征服を目論み、小型核を手に入れようとしていた。

ここから始まるのは、
現代日本のスパイと家康の家臣、服部半蔵率いる忍者軍の戦い。
時空を超えた隠密決戦を見逃すな！