ファルマから薬神紋を奪い物質消去の力を得た、新大陸の少女メレネー。
だが、一歩間違えれば大惨事を引き起こしかねないその強大な力は、彼女の手に負えるものではなく、ファルマは密かに対策を講じる。
結果としてファルマに救われたメレネーは、ファルマたちとの和解の道を選び、サン・フルーヴ帝国と交易が行われることになった。
その後、今度はメレネーが帝都を訪れる。観光などを通じてお互いの仲を深めていったファルマは、彼女にこの世界の成り立ち、そして自分がなすべきことを相談する。
メレネーの提案で、再び異界の研究室を訪れることになったファルマは、そこで自分の知っていた地球の歴史が変わっていることに衝撃を受ける。
さらに、ファルマは思わぬ人物と研究室で邂逅するのだった――。