空から異形の怪物「EMITS」が現れるようになった時代。日本政府は身体一つで空を飛びEMITSを撃退する「特務自衛隊」を組織し人々の生活を守っていた。そんなある日、どこにでもいる男子高校生・美空翔子(みそら しょうご)の前に特務自衛隊のエース・篠塚凜（しのつか りん）が現れる。凜は翔子が持つ「空を自在に飛ぶ才能」を見抜き、EMITSと戦う特務自衛官の士官学校へ推薦するためにやってきたのだ。平穏を望みながらも飛行の魅力に取り憑かれた翔子は彼女の誘いに乗り士官学校へと編入する。しかし翔子の才能は否応なしに開花し、やがて彼をEMITSとの戦いの最前線へと導いていって――!?