常盤台中学で三大派閥がしのぎを削るなか、水鏡派閥の生徒が襲われる事件が発生！　にわかに校内の緊張が高まり、小競り合いにまで発展する事態に。だが、各派閥の長はそれぞれ事件に釈然としない気持ちを抱えており……？　そして派閥争いの余波は、常盤台中学が抱える二人の超能力者（レベル５）、御坂美琴と食蜂操祈にも及んでいた――!! 常盤台中学の生徒全体を巻き込み「御坂美琴一年生編」、大波乱へ！