増え続ける魔術書により、ますます「魔法使い化」していく里の人間たち。拡大する一方の異変に業を煮やした博麗霊夢は、幻想郷中の“本物”の魔法使いたちに向け「異変解決のために力を借さなければ退治する」という檄を飛ばす！　魔理沙の推理が功を奏し、ついに異変の元凶に迫るかに見えたその時、黒幕による真の異変が立ち上がろうとしていた――。
東方Projectの大人気キャラクター・霧雨魔理沙を主人公とした青春エンタメ活劇第2弾！