各国の諜報機関に知れ渡る伝説的スパイ〈蜃気楼〉は、影の戦争に終止符を打つ重要任務で仲間を逃がすため、死亡した。
二年後。
作戦失敗の責を取らされ、敵国である帝国スパイ養成機関〈クリプトス〉に潜入任務中の仲間の少女たちのもとにエドガー・フランクが唯一人の男子生徒として現れる。
銃弾を避ける動体視力、卓越した射撃能力、盗聴、変装etc.全てを兼ね備えた彼こそ、死んだはずの〈蜃気楼〉だった。
変装科。尋問科。潜入科。戦闘科。狙撃科。電子支援科。装備開発科に所属する元部下の少女たちは、正体を隠し救いにきたエドガーを全力で排除しようとしてきて敵対することに!?