モブ男消滅騒動を乗り越えたフラグちゃんたち。
人間No.1となったモブ男を「練習台」にしたフラグ回収訓練を続ける中で、神様が新しい死神・破滅フラグを連れてきた。
「破滅フラグ立ったヤツって、扱いやす～い！」
人の破滅を過度に煽る破滅フラグに悩まされるフラグちゃんだが、初めてできた後輩のために奮闘する新たな日々が始まった！
一方、親睦を深める中で生存フラグの過去が明かされる。元々引っ込み思案だった彼女は「ナナ」という天使のおかげで変われたらしい。しかし、親友だったナナと生存フラグはどうやら今は疎遠になってるらしく──？