波乱の天体観測イベントを乗り越え、絆が深まったアリスとアベル。ある日、ガルシア先生やフィアナ先生、そしてレイ先生が、金色の夜明け団の顧問になりたいとアリスたちの元を訪れる。団のメンバーになるには何か秘密を打ち明ける必要があり、レイ先生は女装をしていた理由や自分の正体をアリスに告げる。その後、アリスはレイ先生を連れ廃塔のアベルを訪れ、二人を引き合わせる。しかし、アベルの名前を聞いた途端にレイ先生の表情が一変、アベルからアリスを引き離そうとする。レイ先生はアベルの何を知っているのか――。一方、アリスの親友レティシアは家族の問題で悩みを抱えていた。そんな彼女を救うべく、大教会に忍び込むことになったアリスたち。目的を達成したかに見えたその時、アリスに魔の手が忍び寄り……。