母親や職場の人間関係に疲弊しながら生きてきた仲里壱花は、新月の夜に佇む手製本編纂館をたまたま見つける。手製本の魅力に惹かれる壱花は、編纂館に来る客人たちが実はあやかしであることを知り驚くが、壱花の写真の腕を見込んだ編纂館館長の月無恭介に手製本制作の協力を求められることに。この編纂館は、手製本作りを通して今も現世に息づくあやかしたちの心に向き合い、その抱えた＜負の気＞を浄化する不思議な役目を果たしていたのだ。一見軽薄そうな恭介の真摯な姿勢やひたむきに生きるあやかしたちに、壱花もまた自分自身の人生を重ね、遠ざけていた問題と向き合うようになるのだが、あるとき、恭介自身胸に秘めていた家族との確執により編纂館存続の危機に見舞われることに……。はたして編纂館の運命やいかに！