10月。 突然、世界中でローマ正教徒たちによる、反科学デモが起き始めた。そのアンチ行動は、学園都市を筆頭とする 「科学サイド」 への糾弾に他ならない。世界が混乱する中、「C文書」 と呼ばれる霊装がこの事件の元凶だと知った上条は、土御門と共に 「C文書」 があるとされる、フランスの観光都市・アビニョンへと飛び立つ。科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まる――！