「我々はこの地球上からI-ブレインを持たない人類を一人残らず駆逐し、魔法士たちのための王国を作り上げる」
　魔法士と人類の共存を夢見た、賢人会議の参謀・天樹真昼の死によって、和平交渉は決裂。
　真昼を殺し共存の未来への道を閉ざした人類に対し、サクラは全面戦争を宣言した。
　そして、各シティで両者による戦闘が勃発。魔法士たちの圧倒的な戦力の前に、人類は苦戦を余儀なくされていた。
　だが、シティは南海の孤島に隠された賢人会議の拠点を全力で探査しており……。