上条当麻は、全世界からオティヌスを守った。『魔神』の力を失った彼女は、小さな妖精さんとなり上条家の居候となる。そして、インデックスは相変わらず幸せそうにご飯を食べていた。そう、上条は望んでいた日常を取り戻したのだ。　しかし。新たな脅威は、すぐに来た。　――『魔神』が動くぞ。　――長い旅路の果てに、ついに見つけたぞ。　――サンジェルマン。それが全てを手に入れる者の名だ。　戦場の舞台となった『ダイヤノイド』は魔神によって封鎖された。最悪の状況に巻き込まれたのは、ショッピング中の『アイテム』の面々、その荷物持ち予定だった浜面仕上、そして学園都市第六位の超能力者・藍花悦――の紛い物。　激突が、始まる。