片田舎から王都に一人で出てきた錬金術師レイスは困っていた。彼は王都に着いて早々お金を全て騙し取られて、頼れる知り合いもおらず、お腹を空かして倒れそうだった。
そんな時にレイスはＳ級冒険者の美少女・ラフィーと出会う。彼女の妹・シルヴィアの病を助けることで、美少女姉妹たちの信頼を得たレイスは、共に生活を始めることになった。
『人助けは自分の手が届く範囲内で』と決めているレイスだが、自分が規格外であることを自覚していない。彼はのんびりと楽しく王都暮らしを満喫しながら、その一方、錬金術で最上級のポーション・エリクサーを片手間に作ったり、聖水を一晩で完成させたりしてしまうのだった。（凄腕の錬金術師でも一つ作るのが困難な代物なのに！）
「大丈夫だよ、ラフィー。エリクサーなんて、また簡単に作れるから」
これは『規格外の錬金術師』とそれに巻き込まれる『美少女S級冒険者』二人の物語！