ハルヒには、「物語」のあらゆる要素が詰まっているのです。――平野綾（解説より）

夏休みを満喫していた俺を襲った、奇妙な違和感。その原因は朝比奈さんからの涙混じりの電話によって判明する。終わらない夏休みに終止符を打ち、秋には宿敵・コンピ研とのゲーム対決に挑み、迎えた冬。冬合宿（マーダーゲームつき）が開催されたわけだが、殺人事件の前にＳＯＳ団全員が雪山で遭難するという非常事態が発生する。さらに頼みの綱の長門が熱で倒れてしまい、ＳＯＳ団発足以来の最大の危機到来!?