コーディが9か月ぶりにバークレーへ帰ってきた！　ふたたび5人がそろった「暗号クラブ」のメンバーは、みんなで夏休みの「スパイ養成講座」に参加することに。
講座では、本物のFBI捜査官が、変装・尾行・暗号解読などのスパイ技術を指導してくれる。いつも暗号クラブのじゃまをする〈おジャマじゃマット〉や、金髪青い目の美人双子の嫌がらせが気になりつつも、スパイの「仕事」の奥深さにどんどん引きこまれていく暗号クラブのメンバーたち。そして、いよいよスパイ講座の最終日。コーディたちは、敵のスパイに扮した人物を尾行し、盗まれた機密情報を取りかえす、という実践テストに挑戦する。コーディたちはあやしい人物を尾行して秘密の情報をゲットするが、なんとそれは、本物の産業スパイが盗みだした新開発のVRゲームプログラムだった!!　さらに、尾行していたことを敵のスパイに勘づかれ、仲間が誘拐されてしまって大ピンチに！　はたして暗号クラブのメンバーは、プロのスパイから仲間を救出することができるのか――!?　
実在する町、大学、組織を舞台に、リアルなスパイの仕事がわかる体験型なぞ解きミステリー。新シリーズは、前作よりぐんとスケールアップ！　大人が読んでもおもしろい!!