新たな仲間との出会いから立ち直ったコウは、城塞都市リンドルンガへようやく帰還した。
懐かしい顔ぶれとの再会も束の間、コウ達は宇宙船で数々の星を巡る旅へと飛び立ち、原初の船と呼ばれる無人船から古代文明のデータやパーツを回収しながら、巨大な母船を建造する。
そんなある日、コウは繁殖のために星々を襲い、ありとあらゆる資源を食らい尽くしていた宇宙害獣が、大群をなしてひとつの青い星へと向かっていることを知る。その先は、コウが転生する前の青い星、地球そのものだった。
人々を安全な星へと移住させるべく、増築した母船で差し迫る危機を回避しようとするコウだったが――!?
自由への衝動は旅人達を宇宙へといざなう。自由気ままなコウの異世界放浪記、第三幕が始まる！