季節は移ろい夏から秋へ。高校生活にも馴染んできた瑠那と凜香だったが、ＥＬ累次体の脅威は去らないまま、むしろその動きは予測がつかなくなっていた。亜樹凪から内部情報を聞き出そうと日暮里高校に潜入した結衣も、特に大きな収穫を得られない。そんなある日、瑠那は幼少期のできごとを驚きとともに思いだす。その記憶が端緒となって３人の前に差しだされた事実は、あまりに衝撃的なものだった。シリーズ激震の大展開！