帝都に蔓延る悪性兵器・學天則を駆逐するため、夏目漱石の戦いは続いていた。少女・禰子と共に秘密結社『幻影の盾』の活動に務める漱石に、森鴎外より衝撃的な一報が入る。
「――學天則の要となる頭脳にコナン・ドイルを選んだのです」　
　コナン・ドイルの失踪。それは漱石が英国留学時代に結んだ因縁が動き出すことを意味していた。新型學天則を巡る戦いの中、再び現れた野口英世。夏目漱石は彼との奇妙な共闘関係を結び、日本を左右する陰謀に立ち向かう。だが、陰謀の裏には「文豪」であり「医者」でもある森鴎外の秘めたる思惑が隠されていた――文豪バトルファンタジー第２弾。