危険で有能な仲間たちをスカウトし、永彩学園内で完全犯罪を成し遂げる秘密結社【迷宮の抜け穴（アナザールート）】の黒幕となった俺・積木来都。
最初の歴史改変で名乗りを上げた俺たちが次に挑むのは、一学期末定期試験――仲間の潜里羽依花が友人を引き金に「最強暗殺者」に闇堕ちしてしまう歴史的特異点（デスポイント）だ。
真の目的を隠したまま、潜里の闇堕ち阻止のために俺がとった行動は、一条さんとペアを組んで試験に挑むこと!?
（なぜか一条さんも）ドキドキしながら最強の協力者を得た俺たちは、敵の黒幕の罠をかい潜り、未来を変えることができるのか？　
これが、黒幕同士の戦いの本当の始まりだ――！