1991年、東京。万能の願望機とされる聖杯を巡り、各陣営は命がけの戦いを繰り広げていた。
そんな中、神々の王・ライダーは巨大な神殿構造体を東京湾上に出現させ、セイバー・アーチャー・ランサーの３騎に宣戦布告を行う。
東京を灰燼に帰すことさえ厭わないライダーを倒すべく、決戦へと挑むセイバー。
アーチャーもまた、マスターであるエルザの願いを受け、ランサーとともに巨大神殿へと赴くのだった。

３騎のサーヴァントが神々の王・ライダーに挑む！
「Fate/Prototype」のスピンオフノベル第４弾!!