はるか遠く未開の島で、黒絵は自身の誕生の秘密を知る――。
大怪獣「ハルゴン」へと変貌する女子高生・黒絵は、東京に現れたもう一体の怪獣を退け、自身がハルゴンであることを恋人の新汰に打ち明ける。秘密が明るみとなる危険に晒される中、母・倫子が現れて……。