鎌倉文庫の謎が解けてから初めての夏休み。ビブリア古書堂の高二の娘・扉子は、母・栞子と父・大輔が不在のため店番を任されることに。本への好奇心の塊のような扉子。店に持ち込まれる古書にまつわる相談事に扉子が首を突っ込まないよう、見守り役として後輩の樋口恭一郎がアルバイトとして働くことになる。そんな時、懐かしい二人が古書堂に持ちこんだのは『シャーロック・ホームズの饋還（きかん）』。戦後、ある人物の命を救ったその本には、奇妙な書き込みがあり――。