宇宙世紀0123年――コスモ貴族主義を掲げるマイッツァー・ロナが創設したクロスボーン・バンガードがフロンティア４を襲撃し、迎撃する地球連邦軍と交戦状態に！その戦火はコロニーを大混乱に陥らせる。
学園祭の最中に巻き込まれたシーブックとその仲間たちは、何とかシェルターへ避難しようとする。