夏休みを前にして、「理学部オリ」の開催が宣言される。
　それは物理部・化学部・生物部、各部活から選ばれた精鋭たちが、科学知識と頭脳を駆使し、街を駆け回り競い合う、綱長井高校理学部の恒例行事。
　なみいる強敵たちとともに、生物部からは出田と岩間が選ばれた。

「この夏は、一緒に駆け抜けようね！」

　しかし出田には懸念があった。親睦を深めるためのイベントの裏で、彼らの青春を傷つけかねない想定外の「事件」が進行していたのだ。
　友人たちを、そして岩間を守るため。理学部オリを無事成功させるべく、出田は秘密を共有する仲間とともに立ち上がる――。

「私たちなら、きっと組み立てられる。きっと、とっておきの論理を」