現し世に生きるあらゆるものは命の核、實珠（みたま）を持っている。
それを喰らい生者に成り代わる怪異「浮き人」。
国家機関の特殊人外管理局に所属する還送師は、アヤカシと契約し、これらに対処する専門職である。

この春、管理局の地方分室に18歳の余部基惟（よのべもとい）は配属されることになった。
基惟は水神に拾われ育てられた青年で、その神の實珠を身の内に持つがために、管理局により長らく監視・軟禁されていた。
先輩となる葵宵（きしょう）と相棒の愛らしい妖狐・伽羅に案内されやってきたのは、久々埜知（くくのち）様という神が護り、アヤカシも数多く住まう可見依（かみより）町。
基惟は個性豊かな分室の先輩やアヤカシたちとの関わりを通じて、新たな経験や感情を知っていく。
だが彼の身を狙う危険な勢力が現れ、町を巻き込む大事件に発展して……!?