長き眠りから目覚めた全知全能のクロノは、ノワール学院に入学し活発な少女シャルと不思議な雰囲気の少女、リュカと出会い、
ふたりを過去のしがらみから解放し、友達としての一歩を踏みだした。
学院生活にも慣れてきたある日、とある出来事をきっかけにクロノの過去に触れる――。
何気ない一言が深読みされ、世界中で大騒動が巻き起こる……!?　
全知全能が織り成す、超勘違い学園ファンタジー第２弾！