日本を滅ぼす工作員は誰だ！
公安の諜工員候補生である燈田華南（とうだ・かな）が、先輩の東雲陽翔（しののめ・はると）と納堂暮亜（のうどう・くれあ）と共に就いた任務は、新潟で陸揚げされたコンテナ12本分の特殊建築用素材の行方を追うこと。
税関を問題なく通過したものの、公安で精査した結果、その資材で兵器用レベルのプルトニウム精製工場が建てられると判明したのだ。
物流業者のシステムでは配送完了となっているが、現在は所在不明。
不審な企みが進行する中、華南たちは真相を突き止められるのか――本格青春スパイ小説。