白川教授によって開発された「怪異調査」アンドロイド・アリサは月代中学校に存在する奇妙な怪談を検証することに。少女型の試作ボディに記憶と人格をコピーした彼女は、中学校に潜入＆「異常存在リサーチ部」の生徒と共に様々な「怪異」の真相を突き止めていく。だが、謎が解き明かされるにつれ、アリサの周りでは少しずつ違和感が生じ始めた。そして白川教授にも、どうしても思い出せない記憶がひとつあり――。