宇宙世紀0088。地球圏に舞い戻ったジオン公国の残党はみずからネオ・ジオンを名乗り、地球連邦に対して自分たちの主権を認めるよう迫った。弱体化した連邦軍には、太刀打ちできる力はない。そんな中、カミーユが戦線から外れてＺガンダムのパイロットを探していたブライトは、サイド１で一人の少年と出会う。ジュドー・アーシタ、14歳。彼こそが真のニュータイプか──？