フロンティア・サイドに侵攻してきたクロスボーン・バンガードは地球連邦軍を席巻し、独立国家コスモ・バビロニアの建国を宣言。彼らの目的は、宇宙時代にみあったコスモ貴族主義を実践することにより、地球圏に新たな秩序を築き上げることだった。戦闘の中、ロナ家の血をひく少女セシリーと、新型モビルスーツの開発スタッフを母に持つ少年シーブックは、数奇な運命に導かれていく……！