黒川謙の軍勢は、合理的かつ合法的にNCT研究所へ侵攻していく。
　逃げ場を失った闘真が焦りを感じた時、奇蹟が起こった。あの超越者が闘真の許に降臨したのだ――。
　一方、由宇は高々度上空に存在する飛行要塞・フリーダムにいた。黒川は遺産の情報を求め、由宇へ迫るが……。
　世界最高峰の頭脳 VS 冷酷な悪魔の息詰まる攻防戦の結末は!?
　はたして囚われの由宇と、孤独な戦いを続ける闘真に再会のチャンスは訪れるのか？