オウカを救い出したいアラドらスクールの面々、戦いに乗じて自らの研究を成就させんとするアギラと自らの過ちを償おうとするクエルボ、そしてアインストの支配からエクセレンを救い出すべく、新たなる力「アルトアイゼン・リーゼ」と共に戦場に降り立ったキョウスケ……様々な思惑が交錯するアースクレイドル攻防戦はますます苛烈さを増していく。
アースクレイドルの中枢「メイガス・システム」を掌握すべく進むアラド達の前に立ちふさがったのは、半ばゲイム・システムの生体ユニットと化したオウカの駆るラピエサージュ・ファントゥームだった。その圧倒的すぎる戦闘力の前に為す術もないアラド達だったが、オウカの記憶を取り戻そうとするクエルボの提案した作戦に一縷の望みを掛ける。
一方、量産型Wシリーズを従えたアーチボルドのグラビリオン部隊と対峙するSRXチームとレーツェル(エルザム)は、彼のテロ行為によって大事なものを奪われた過去の怒りを抱えながら戦いを仕掛けるが、アーチボルドの予想外の行動が戦局を大きく左右することに。
そしてアルフィミィの言葉に惑わされることなく、ただエクセレンだけを目標に据えて戦いを挑むキョウスケ。アインスト達を敵に回した彼の「分の悪い賭け」はどう転ぶのか？