突如発生したダンジョンイベントも無事(？)クリアし、ツクヨミ魔法学園の入学日を迎えた滝音幸助。
『マジカル★エクスプローラー』の主人公である・聖伊織とも出会い、遂に作品の本編である学園編がスタートする！
クラスにも溶け込み楽しい学園生活が始まると思いきや、不可抗力にも作品のメインヒロインの一人であるカトリナに模擬戦を申し込まれてしまい――。